保护功能是对电机控制器中换相功率管、电源免过放电，以及电动机在运行中，因为某种故障或误操作而导致的可能引起的损伤等故障出现时，电路根据反馈信号采取的保护措施。电动车基本的保护功能和扩展功能如下：
1、制动断电
当制动时，内部开关被闭合或被断开，而改变了原来的开关状态。这个变化形成信号传送到控制电路中，电路根据预设程序发出指令，立即切断基极驱动电流，使功率截止，停止供电。因而，既保护了功率管本身，又保护了电动机，也防止了电源的浪费。
2、欠压保护
这里指的是电源的电压。当放电最后阶段，在负载状态下，电源电压已经接近“放电终止电压”，电机控制器面板（或仪表显示盘）即显示电量不足，引起驾驶员的注意，计划自己的行程。当电源电压已经达到放终时，电压取样电阻将分流信息馈入比较器，保护电路即按预先设定的程序发出指令，切断电流以保护电子器件和电源。
3、过流保护
电流超限对电机和电路一系列元器件都可能造成损伤，甚至烧毁，这是绝对应当避免的。控制电路中，必须具备这种过电流的保护功能，在过流时经过一定的延时即切断电流。
4、过载保护
过载保护和过电流保护是相同的，载重超限必然引起电流超限。
5、欠速保护
仍然属于过流保护范畴，是为不具备0速起步功能的无刷控制系统而设置，
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